Zgodnie z ustawą z dnia 27 sierpnia 2009 r. Przepisy wprowadzające ustawę o finansach publicznych DZ. U. z dnia 24 września 2009 r. NR 157, poz. 1241 z dniem 1 stycznia 2010 r. Bank Gospodarstwa Krajowego przejmuje od wszystkich instytucji zaangażowanych w dystrybucje funduszy unijnych, w tym również od Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości , dokonywanie płatności wynikających z umów o dofinansowanie zawartych w ramach programów PO Innowacyjna Gospodarka, PO Kapitał Ludzki, PO Rozwój Polski Wschodniej.