30 września 2004 r. zakończył się proces wydatkowania środków Programu Odbudowa 2001. Projekty kontrolowane na bieżąco podczas wizyt monitorujących poddane zostały końcowej ewaluacji i audytowi. Oceny wystawione dla Programu oraz podsumowanie jego przebiegu przez zewnętrznych konsultantów pozwalają na stwierdzenie, iż Program zakończył się sukcesem. Wykorzystanych zostało 93,27% dostępnych w obu edycjach Programu środków.

Program Odbudowa 2001 został zrealizowany na terenie trzech województw - małopolskiego, podkarpackiego i świętokrzyskiego - najbardziej poszkodowanych w powodzi, jaka miała miejsce w lipcu i sierpniu 2001 r. Program wdrażany w dwóch edycjach dysponował łącznym budżetem 25 min EUR. Środki te podzielone zostały pomiędzy regiony proporcjonalnie do strat poniesionych w wyniku powodzi.
W dniu 7 grudnia 2001 r. pomiędzy Komisją Europejską a Rządem RP podpisane zostało Memorandum Finansowe dotyczące przekazania 15 min EUR dla Programu Odbudowa 2001. Komisja Europejska wyraziła również zgodę na realokację środków z Sectoral STRUDER Counterpart Funds w wysokości 9,997 min EUR na realizację II edycji Programu. 20 lutego 2002 r. podpisane zostało w tej sprawie Memorandum of Understanding.