Instytucja Zarządzająca Programem Innowacyjna Gospodarka zwraca uwagę, że projekty współfinansowane ze środków funduszy strukturalnych Unii Europejskiej będą mogły otrzymać wsparcie wyłącznie pod warunkiem, że będą realizowane zgodnie z prawodawstwem UE w zakresie je obowiązującym. Jedną z priorytetowo traktowanych polityk wspólnotowych jest polityka ochrony środowiska. W tym aspekcie szczególna uwaga powinna zostać zwrócona na prawidłowość przeprowadzania postępowania w sprawie oceny oddziaływania na środowisko realizowanego przedsięwzięcia, jeśli obowiązek przeprowadzenia takiego postępowania ciąży na wnioskodawcy.