W związku z powyższym wnioski złożone po dniu 7 grudnia 2008 r. i nie rozpatrzone, tj. takie  wnioski, dla których nie zostaną zawarte do dnia 31 grudnia 2008 r. umowy o dofinansowanie w ramach Działania 5.4 PO IG będą musiały uwzględniać następujące zmiany:

1. Zmienione progi intensywności
•    Intensywność wsparcia na uzyskanie ochrony własności przemysłowej nie może przekroczyć:
- w przypadku mikroprzedsiębiorcy lub małego przedsiębiorcy – 70 % wydatków kwalifikujących się do objęcia wsparciem, jeżeli wynalazek, wzór użytkowy lub wzór przemysłowy powstał w wyniku prowadzonych badań przemysłowych;
- w przypadku średniego przedsiębiorcy – 60% wydatków kwalifikujących się do objęcia wsparciem, jeżeli wynalazek, wzór użytkowy lub wzór przemysłowy powstał w wyniku prowadzonych badań przemysłowych;
- w przypadku mikroprzedsiębiorcy lub małego przedsiębiorcy – 45% wydatków kwalifikujących się do objęcia wsparciem, jeżeli wynalazek, wzór użytkowy lub wzór przemysłowy powstał w wyniku prowadzonych prac rozwojowych;
- w przypadku średniego przedsiębiorcy – 35% wydatków kwalifikujących się do objęcia wsparciem,  jeżeli wynalazek, wzór użytkowy lub wzór przemysłowy powstał w wyniku prowadzonych prac rozwojowych.
•    Intensywność wsparcia na realizację ochrony własności przemysłowej nie może przekroczyć:
- w przypadku mikroprzedsiębiorcy lub małego przedsiębiorcy – 45% wydatków kwalifikujących się do objęcia wsparciem;
 - w przypadku średniego przedsiębiorcy – 35% wydatków kwalifikujących się do objęcia wsparciem

2. zakresy działalności gospodarczych, których dotyczy projekt
Wsparcie nie może być udzielane na realizację projektu w zakresie działalności gospodarczej:
- w sektorach rybołówstwa i akwakultury objętych rozporządzeniem Rady (WE) nr 104/2000 z dnia 17 grudnia 1999 r. w sprawie wspólnej organizacji rynków produktów rybołówstwa i akwakultury (Dz. Urz. WE L 17 z 21.01.2000, str. 22; Dz. Urz. UE Polskie wydanie specjalne, rozdz. 4, t. 4, str. 198, z późn. zm.);
- związanej z produkcją podstawową produktów rolnych;
- związanej z przetwarzaniem i wprowadzaniem do obrotu produktów rolnych w następujących przypadkach:
•    kiedy wysokość pomocy ustalana jest na podstawie ceny lub ilości takich produktów nabytych od producentów surowców lub wprowadzonych na rynek przez przedsiębiorstwa objęte pomocą, lub
•    kiedy przyznanie pomocy zależy od faktu jej przekazania w części lub w całości producentom surowców;
- w sektorze węglowym.

3. Inne warunki wynikające z projektu nowelizowanego rozporządzenia Ministra Rozwoju Regionalnego z dnia 7 kwietnia 2008 r. w sprawie udzielania przez Polską Agencję Rozwoju Przedsiębiorczości pomocy finansowej w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, 2007-2013, które obejmą również dostosowanie zasad udzielania wsparcia w ramach działania 5.4 PO IG do przepisów rozporządzenia Komisji (WE) 800/2008.  
- doprecyzowano okres kwalifikowalności w zakresie instrumentu uzyskanie ochrony prawa własności przemysłowej w ramach działania 5.4, zgodnie z którym wydatki kwalifikujące się do objęcia wsparciem na uzyskanie ochrony prawa własności przemysłowej muszą być poniesione nie później niż do dnia uzyskania prawa własności przemysłowej oraz pod warunkiem dokonania zgłoszenia wynalazku, wzoru użytkowego lub wzoru przemysłowego.
- doprecyzowano okres kwalifikowalności w zakresie instrumentu realizacja ochrony własności przemysłowej w ramach działania 5.4, zgodnie z którym wydatki kwalifikujące się do objęcia wsparciem na pokrycie kosztów realizacji ochrony własności przemysłowej muszą być poniesione nie później niż do dnia zakończenia postępowania oraz pod warunkiem udokumentowania wszczęcia postępowania w zakresie unieważnienia lub stwierdzenia wygaśnięcia patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy albo prawa z rejestracji, założonego we wniosku o udzielenie wsparcia.
Umowy o udzielenie wsparcia zawarte po dniu 31 grudnia 2008 r., będą realizowane zgodnie z w/w zmienionymi zasadami, a udzielone wsparcie będzie stanowić pomoc publiczną zgodną z warunkami rozporządzenia 800/2008 sekcja nr 7 Pomoc na działalność rozwojową, badawczą i innowacyjną, art. 33